Пинкасова синагога была основана в 1479 году принадлежала она тогда семье Пинкасов, отсюда и название. Позже она была перестроена семьей Горжовских, было это в 1535 году. Синагога представляла собой однонефный объем, перекрытый позднеготическими сетчатыми сводами. Позже в 1607-1625 годах она была расширена.
На сегодняшний день Пинкасова синагога является мемориалом жертвам Холокоста. На стенах синагоги написаны имена евреев, которые погибли во время второй мировой войны в Чехии. В здании хранятся рисунки детей, находившихся в Терезине в 1942—1944 гг.